Jepang tahun 2029 telah memasuki masa ketika tubuh manusia dapat digantikan mesin dan pikiran terhubung langsung ke jaringan. Di dunia tersebut, Motoko Kusanagi hidup sebagai cyborg bertubuh penuh yang mampu menghadapi ancaman jauh melampaui kemampuan aparat biasa.
Melihat bahaya baru berkembang lebih cepat daripada hukum, Motoko merancang satuan khusus untuk menghentikan serangan sebelum terjadi. Bersama tim pilihannya, ia direkrut Daisuke Aramaki ke dalam Public Security Section 9 dan membentuk Shell Squad. Penyelidikan mereka segera mengarah pada konspirasi internasional serta seorang peretas misterius bernama Puppet Master. Saat batas antara manusia, mesin, dan data semakin kabur, Motoko tidak hanya harus menemukan sang peretas, tetapi juga mempertanyakan apakah kesadaran di dalam tubuh buatannya masih sepenuhnya miliknya.
